O túmulo de D. João Afonso e de sua mulher, D. Iria Afonso, na primeira capela lateral do lado da epístola, é o tributo póstumo, construído na época manuelina, a uma das mais importantes figuras nacionais do século XV. Conselheiro de D. João I e fundador do Hospital de Jesus Cristo (1426), D. João Afonso fez-se sepultar nesta capela, em cujo altar existia uma pintura retabular na qual figurava o instituidor do Hospital, de joelhos com as contas nas mãos, orando junto a um Calvário, obra do pintor Manuel Lampreia Mata (1623), entretanto desaparecida. O sarcófago, dos inícios do século XVI, é constituído por uma arca de crista ornamental, com a face profusamente decorada e com aldrava estilizada em flor-de-lis, de cunho gótico, com arco conopial de cogulhos pousado em dois colunelos de fustes torcidos. A face da raça apresenta, ao centro, o escudo ladeado por cartelas com caracteres góticos inscritos. O arcossólio é cingido por pilares de delgados colunelos que sustentam arcaturas ogivais e pináculos baldaquinados, que abrigam as imagens quinhentistas de Nossa Senhora e de São João Evangelista. O arco de querena é rematado por uma escultura representando Cristo crucificado.
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