O PM foi criado por decreto real de 7 de Fevereiro de 1895, e esteve provisoriamente instalado desde esse ano em Santarém, numa Cadeia Penitenciaria do Ministério da Justiça, absolutamente idêntica às existentes em Lisboa e Coimbra, que foi cedida à Secretaria de Estado dos Negócios da Guerra para o cumprimento de pena de PM a qual, criada pelo Código de Justiça Militar ao tempo promulgado, obrigava a um regime Penitenciário que envolvia segregação celular durante a noite e comunidade de trabalho durante o dia.
A entrega provisória da Penitenciária e suas pertenças, ao Ministério da Guerra, ocorreu a 6 de Março de 1895, ficando como património da Direcção Geral de Fortificações e Obras do Exército.
No dia 8 de Maio de 1895 assumiu o Comando do Estabelecimento, o General de Brigada João Batista da Silva.
Em 25 de Maio de 1895 deu entrada o primeiro condenado, o Soldado António de Campos, aprendiz de músico, sendo-lhe atribuído o n.º 1.
A pena de “Presídio” estabelecida no Código de Justiça Militar de 13 de Maio de 1896, veio viabilizar o estabelecimento prisional como PM.
Foi em Santarém que o PM funcionou durante 105 anos e nele cumpriram pena 3945 presos, sendo 184 da Marinha, 3537 do Exército, 168 da Força Aérea e 56 da Guarda Nacional Republicana.
Em 1998 o PM de Santarém é desafectado do domínio público militar e passa a integrar o domínio privado do Estado, sendo reafectado ao Ministério da Justiça.
Pelo Despacho nº 1830/2001 de 17 de Janeiro do MDN, o Presídio Militar é aditado ao Mapa III (U/E/O que são transferidos) do Despacho 72/MDN/93.
A transferência do PM, de Santarém para Tomar, torna-se legalmente efectiva em 1 de Janeiro de 2001. O Presídio Militar ocupou as instalações da Casa de Reclusão de Tomar.
Nesta mesma data, tomou posse como Comandante do PM o TCor Infantaria Carlos Alberto Rodrigues Coelho.
Em 23 Abril de 2001 o PM instala-se definitivamente nas instalações da Casa de Reclusão de Tomar, depois dessas serem sujeitas a grandes obras de remodelação e ampliação, iniciadas em Abril de 2000.
Os reclusos condenados a penas de Presídio Militar, que tinham sido entretanto transferidos para a Casa de Reclusão de Elvas foram, em 9 de Janeiro de 2002, removidos para o Presídio Militar em Tomar.
